智恩寺を禅宗に改宗した嵩山居中が開山。弟子の宝山浮玉に寺庵を譲り、秋月庵と呼ばれたが、暦応2年（1339）に丹後国の安国寺とされた。山号は鳳凰山。小字が東西130ｍ、南北60ｍに分布し、大寺院であったと推定される。

『丹哥府志』には天正の頃（1573〜92）宝林寺と同じく廃寺とある。安国寺は夢窓疎石の勧めにより、足利尊氏、直義兄弟が後醍醐天皇はじめとする戦没者の冥福を祈るため、聖武天皇の国分寺にならって国ごとに1寺1塔（安国寺・利生塔）を建てさせたものである。

丹後安国寺のように既存の寺をあてたものも多い。なお、丹後の利生塔の所在は有無も含めて不明である。